О десская богословская семинария – одна из первых евангельских богословских школ, появившихся во время духовной оттепели в конце восьмидесятых годов двадцатого столетия. У истоков создания семинарии стоял один из ведущих богословов братства – Сергей Викторович Санников, позднее ставший её первым президентом.

Первые учебные семинары летом 1989 года проводились полулегально в помещении Второй Одесской церкви ЕХБ, находящейся на окраине города. На добровольных началах была создана инициативная группа, готовившая семинары и осуществлявшая всю текущую работу. Первой официальной программой Одесской библейской школы была программа подготовки проповедников. Позже было открыто отделение подготовки учителей воскресных школ. Более 180 человек из Украины и Молдовы, объединенных желанием изучать Слово Божие, стали ее первыми студентами. В 1990 году на берегу озера, находящегося за церковью, где проходили занятия, начались строительные работы. Для организации студенческого общежития, учебных классов, офисов и других необходимых для функционирования школы помещений были привезены передвижные жилые домики.

В 1991 году была открыта четырехлетняя стационарная программа «Бакалавр богословия». Студентами этой программы стали братья из церквей Украины, России, Молдовы, Узбекистана и Казахстана, которые сели за парты, несмотря на многочисленные бытовые трудности и неустройства. В 1994 году школа была переименована в Одесскую богословскую семинарию. К 1995 году был введен в эксплуатацию главный корпус семинарии. В том же году состоялся и первый выпуск студентов программы «Бакалавр богословия», ставший знаменательным событием в жизни семинарии.

Практически с самого начала существования школы развитие издательской и научной деятельности в различных областях богословия стало одним из основных направлений работы семинарии. С 1990 года школа стала издавать альманах «Богомыслие», ставший первым в истории русско-украинского евангельско-баптистского братства научным богословским периодическим изданием. Одесская семинария стала одним из ведущих центров научной богословской мысли в Украине.

В 1999 году в должность президента семинарии вступил Владимир Павлович Шемчишин. Владимир Павлович являлся пресвитером поместной церкви в г. Ильичевске, был старшим пресвитером в Одесской области и заместителем президента ЕХБ по Южному региону Украины. С 2014 года он возглавил отдел образования при вышеназванном союзе.

По окончанию учебного года 2013-2014  новым президентом семинарии стал Владимир Алексеевич Помазков. Владимир Алексеевич с 1991 по 1995 года обучался в семинарии на программе "Бакалавр богословия", затем с 1997 по 1999 был студенческим деканом. С 1999 по 2014 он трудился в семинарии на должности  исполнительного директора.

В 2012 году начала работу магистерская программа «Преобразующее пасторское служение». Программа разработана преподавателями ОБС, преподают на программе квалифицированные местные и зарубежные специалисты. Так же в 2012 годы начала работы программа для лидеров подросткового служени "Открытие".

С 2014 года совместно с женским отделом сдужения ВСЦ ЕХБ Украины начала работу программа "Женское призвание". Особенность данной программы - в ее практической направленности.

В настоящее время в семинарии постоянно функционируют 13 академических программ, на которых ежегодно учатся около 230 студентов. За эти годы семинария подготовила по разным программам свыше тысячи пятисот человек, которые несут служение как в поместных церквях Украины, так и за ее пределами. На сегодняшний день Одесская семинария располагает своим штатом национальных преподавателей, а также активно участвует в академическом становлении других богословских школ, помогая им организовывать и поддерживать учебный процесс.